本文档主要简述Rmarkdown的基本用法。

1 Markdown语法

采用的是Markdown语法，需要快速浏览，可以看

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无序列表

  • unordered list
  • item 2

有序列表

  1. ordered list
  2. item 2

2 基本用法

输出html，docx，pdf 需要编辑编辑YAML表头

2.1 选择输出格式

分别是html、pdf、docx、beamer幻灯片(pdf)、ioslides幻灯片(html)：
output: html_document html
output: pdf_document
output: word_document
output: beamer_presentation
output: ioslides_presentation

2.2 嵌入代码

把r换成python，就可以嵌入python代码

1:20
##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

具体的选项：
eval TRUE 是否估计代码的值及显示其结果
echo TRUE 显示结果时，是否也一同显示代码
warning TRUE 是否显示警告
error FALSE 是否显示错误
message TRUE 是否显示消息
tidy FALSE 是否调整代码的显示格式，使其更整洁
results “markup” “markup”（标记显示） , “asis”(文本显示） ,“hold”（末尾显示） 或 “hide”（隐藏）
cache FALSE 为了⽅便以后的提交，是否缓存结果
comment “##” 注释符号，用于结果之前
fig.width 7 由代码块⽣成的图表的宽度，英寸
fig.height 7 由代码块⽣成的图表的高度，英寸

2.3 提交

点击Knit按钮

生成交互式报告，需要是html格式才可以；在yaml表头插入runtime: shiny；然后点击Run Document。 其实不用shiny，单纯用html+交互式图表也可以实现网页部分交互，如Plotly图库。

3 高级用法

具体如本文件的yaml表头所示。 toc: yes表示输出目录，number_sections: yes表示目录有序号。

theme: readable主题。主题有“default” “cerulean” “journal” “flatly” “readable” “spacelab” “united” “cosmo”。

图形大小控制。在html_document下标注：fig_width: 7；fig_height: 6。

如果是自己加入CSS：
html_document:
css: my_own.css

4 具体例子

计算

library(DT)
datatable(iris)
summary(iris)
##   Sepal.Length    Sepal.Width     Petal.Length    Petal.Width   
##  Min.   :4.300   Min.   :2.000   Min.   :1.000   Min.   :0.100  
##  1st Qu.:5.100   1st Qu.:2.800   1st Qu.:1.600   1st Qu.:0.300  
##  Median :5.800   Median :3.000   Median :4.350   Median :1.300  
##  Mean   :5.843   Mean   :3.057   Mean   :3.758   Mean   :1.199  
##  3rd Qu.:6.400   3rd Qu.:3.300   3rd Qu.:5.100   3rd Qu.:1.800  
##  Max.   :7.900   Max.   :4.400   Max.   :6.900   Max.   :2.500  
##        Species  
##  setosa    :50  
##  versicolor:50  
##  virginica :50  
##                 
##                 
##

散点图

library(plotly)
## Loading required package: ggplot2
## Warning in as.POSIXlt.POSIXct(Sys.time()): unknown timezone 'zone/tz/2021a.1.0/
## zoneinfo/Asia/Shanghai'
## 
## Attaching package: 'plotly'
## The following object is masked from 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot
## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter
## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     layout
plot_ly(data = iris, x = "Sepal.Length", y = "Petal.Length",
        color = "Species")
## No trace type specified:
##   Based on info supplied, a 'histogram2d' trace seems appropriate.
##   Read more about this trace type -> https://plotly.com/r/reference/#histogram2d
## Warning in RColorBrewer::brewer.pal(N, "Set2"): minimal value for n is 3, returning requested palette with 3 different levels
## Warning in RColorBrewer::brewer.pal(N, "Set2"): minimal value for n is 3, returning requested palette with 3 different levels

时间序列图 #{r} #library(plotly) #p <- plot_ly(economics, x = "date", y = "uempmed", name = "unemployment") #p %>% add_trace(y = fitted(loess("uempmed" ~ as.numeric(date))), x = date) #

散点图

for (i in 1:10){
    x=c((i+1):(i+10))
y=c((i+2):(i+11))
plot(x~y)
}

5 更多的参考资料

  • Rmarkdown
  • Cheat Sheet
  • Dynamic Documents with R and knitr, 2nd Edition
  • Reproducible Research with R and RStudio，2nd Edition